Referendum sa konalo počas dvoch dní, 16. a 17. mája 2003. Zúčastnilo sa 52,15 % oprávnených voličov a za vstup hlasovalo 92,46 % účastníkov. Potrebná nadpolovičná účasť bola prekročená približne o 90-tisíc voličov.
Pochybnosti vychádzajú najmä z dobových správ o nízkej účasti. ABC News uvádzala neoficiálne odhady 44 % o 11.00 a 48 % o 12.00, pričom hlasovanie sa končilo o 14.00. Nešlo však o overené celoštátne údaje. Rozdiel oproti konečnému výsledku preto nemožno automaticky považovať za počet ľudí, ktorí prišli v posledných dvoch hodinách, a už vôbec nie za dôkaz podvodu.
Informácie o hroziacej neplatnosti mohli navyše mobilizovať ďalších občanov. Na účasť vyzývali aj najvyšší ústavní činitelia vrátane prezidenta Rudolfa Schustera. Koľko ľudí tieto výzvy skutočne ovplyvnili, nevieme, ide však o možné vysvetlenie zvýšenej účasti.
Hlasy sa počítali v okrskových komisiách so zastúpením rôznych politických strán. Z výsledkov sa vyhotovovali zápisnice a údaje prechádzali ďalšími stupňami kontroly. Na zmenu platnosti referenda by bola potrebná rozsiahla manipulácia, pre ktorú neboli predložené dôveryhodné dôkazy. Takmer 93 % hlasov za vstup zároveň ukazuje výraznú prevahu odpovede ÁNO, hoci to samo osebe nedokazuje správnosť percenta účasti.
Objavujú sa aj výhrady k referendovému moratóriu. Samotná výzva, aby ľudia prišli hlasovať, však nie je to isté ako presviedčanie, ako majú odpovedať na referendovú otázku. Prípadné porušenie iných pravidiel kampane či zverejňovania priebežných údajov navyše nie je dôkazom falšovania výsledkov.
Vstup do EÚ mal širokú podporu vládnych aj opozičných strán: SDKÚ, KDH, SMK, ANO, HZDS a Smeru. Prístupovú zmluvu schválila NR SR 1. júla 2003 hlasmi 129 poslancov. Parlamentné hlasovanie dokladá politickú zhodu, nie správnosť sčítania.
Ani po viac ako 23 rokoch neboli predložené dôveryhodné dôkazy, že referendum bolo sfalšované. Nepotvrdené podozrenia nie sú dôkaz, len viac polarizujú spoločnosť.
